Az Assassin's Creed Shadows, amely a feudális Japánba kalauzolja a játékosokat, meglepő módon teljesen kihagyta a sorozatra jellemző játszható modernkori szekvenciákat. Ez a döntés komoly aggodalmat váltott ki a rajongók körében, hiszen a modern szál mindig is szerves része volt a franchise mélyebb történetének és mitológiájának. Sokan jogosan tették fel a kérdést, hogy ez vajon végleges szakítás-e a hagyományokkal, vagy csupán egy epizódon belüli, ideiglenes változtatás. A fejlesztők most reagáltak ezekre a felvetésekre, megpróbálva eloszlatni a bizonytalanságot a széria jövőjével kapcsolatban.
A modernkori részek hiánya mellett további súlyos kérdések merültek fel a Basim karakterének és az Isu civilizáció teljes mellőzésével kapcsolatban, melyek szintén alapvető fontosságúak az Assassin's Creed univerzumában. A rajongók aggódtak, hogy ezek a kulcsfontosságú lore elemek végleg eltűnnek a játékokból, ezáltal csorbítva az összképet és a koherenciát. A fejlesztői válaszok rávilágítottak a Ubisoft hosszú távú terveire a franchise-zal kapcsolatban, megpróbálva megnyugtatni a közösséget, hogy bár a Shadows eltér a megszokottól, a sorozat alapvető pillérei továbbra is fontosak maradnak. Ez a párbeszéd kulcsfontosságú a játékosok bizalmának megőrzéséhez és a sorozat jövőbeni irányának tisztázásához.